La introducción del juego nos muestra como el equipo Red Light de las fuerzas especiales de reconocimiento (RECON) de los marines se dirige al polo sur bajo las instrucciones de la operación conocida como nombre en clave Cold Limit. Esta operación tiene como objetivo investigar lo ocurrido en Fort Stewart, una base secreta de los estados unidos en la Antártida con la que se ha perdido todo contacto. Por desgracia, el trasporte de los soldados a su destino se ve truncado por una potente tormenta de nieve y sufren un mortal accidente, del que sólo sobreviven dos marines: Dennis Riley y Roger Grigman.

Tras reencontrarse minutos después de la explosión, ambos consiguen introducirse en la base y descubrir un desalentador panorama: la base está poblada por unas putrefactas criaturas. Tras deshacerse de la primera tanda, como mandan los cánones, los dos soldados especiales localizan a Cindy Tien, una bacterióloga única superviviente del caos que se ha apoderado de la base y persona que pone a los dos protagonistas al corriente de todo lo sucedido. Una agresiva arma biológica basada en un virus mutado con el que los científicos del Fort Stewart estaban experimentando, escapó de su aislamiento y comenzó a infectar todo a su alrededor....